一、代谢组学中二级、二级、二级谱图数据库很重要

为什么二级如此重要？因为通过二级图谱数据库鉴定的结果可信度更高，一级图谱会造成很多假阳性结果，因为一级比对是按照荷质比（或者说分子量）进行比对的，谁也不能保证不同的代谢小分子其荷质比（或分子量）的唯一性！加入二级碎片的图谱会加深鉴定结果的可靠性。

        可能有很多人已接触过蛋白质组学，有的已经发表过相关文献，自然知道蛋白质组学研究中必用的是二级图谱数据库。所以，自然而然地会认为，代谢组学也是顺其自然地使用二级图谱数据库。（其实是小编自己的想法）

       在高通量蛋白质组学还没有现如今这么火爆、成熟的时期，一级谱图数据库在很长一段时间是占据主要地位的，而且我想有的老师仍在使用一级谱图数据库进行研究——即传统的蛋白质组学技术“肽指纹图谱”。在前几年期间，还能陆续接到如此的项目咨询。

       后来由于质谱系统的迅速发展，加上物种蛋白数据库越来越完善，使用一级图谱进行鉴定的案例才会越来越少。

       而代谢组学的数据库相对于蛋白质组学，获得会更加耗费人力物力。有一些开源的代谢组学数据库，里面的信息也是参差不齐，冗余很多。有的是一级、有的是二级，甚至有的物种是没有相对应的代谢组学数据库的。所以在比较长一段时间内，代谢组学的发展是受到数据库发展的限制的。

下面这张图展示了代谢小分子鉴定所需要数据库的一个发展历程：

第一个：精确分子量（一级图谱），原因不佳见上述

第二个：精确分子量+同位素pattern

第三个：精确分子量+色谱保留时间+同位素pattern

第四个：二级图谱数据库

第五个：二级图谱数据库+色谱保留时间

       现在公司处于第四个阶段，这个二级图谱数据库是期摸索建立起的二级图谱数据库，有助于提高代谢物鉴定的准确度。当然，通过这个数据库得到的鉴定结果，并不能说明鉴定得到的代谢物就是百分之百的准确。